理论内容：

一、宏基因组学

1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法

1.1. 测序平台、引物设计及区域选择不同测序平台、针对细菌、真菌不同微生物实验设计

1.2. 测序量及采样建议

针对水体、粪便、土壤、物体表面、口腔等不同生境

1.3. 分析流程图

数据收集、数据预处理、数据分析

1.4. 结果解析

1.4.1 OTU聚类

1.4.2 物种注释

1.4.3 物种分布情况

1.4.4 样品复杂度分析：α多样性

Coverage

Chao指数

ACE指数

Shannon曲线

Richness rarefaction曲线

1.4.5 多样品比较分析：β多样性

样品间物种丰度热图

排序分析：

PCA分析

PCoA分析

NMDS分析

Unifrac分析

样品聚类分析

2. DSS （direct shotgun sequencing）法

2.1. 分析流程

2.2. 功能注释分析

2.3. 代谢途径解析

二、宏转录组学

1 介绍

2 物种组成、功能及代谢途径分析

宏基因组优势菌分析

1.泛基因组分析

2.宏基因组中的优势菌株单基因组分析

上机实习：

一、宏基因组中的优势菌株单基因组常规分析流程

1.原始数据评估 （fastqc）

2 基因组拼接、画图（CGview等）

3 功能注释 （KEGG、CARD、Resfinder等）

4 进化树分析 （MEGA、evolview）

5 多菌株泛基因组分析 (PanGP)

二、宏基因组学（16S部分）介绍以及上机操作

1.Virtual box 及Qiime2 安装

2.Linux基础知识介绍

3.Qiime2：数据处理，

         质控，

 生成feature，

 进化树构建，

 多样性分析，

 差异分析，

 物种注释

三、R语言基础及宏基因组相关统计分析

1.常用基本命令

变量赋值

文件读写

常用的统计函数

2.差异OTU及差异菌群分析

wilcox检验

3.相关性检验

差异OTU与样本临床信息相关性检验

4.alpha多样性

5.beta多样性

6.PCoA

7.机器学习

逻辑回归

随机森林

svm