第一天 |
9:00-12:00 Lunix系统讲解 R语言 |
1.常规基础Linux命令入门讲解及实操训练。 |
2.R语言简介及安装,RStudio的安装及使用说明。 |
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3.R语言语法介绍及常用命令。 |
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4.R语言画图实操,tSNE,小提琴图,热图,网络图,GO、KEGG富集图等图形绘制(实操)。 |
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转录组学数据分析在植物、动物、农学、医学等领域的应用理论讲解 |
1.转录组技术发展前沿动态。 |
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2.转录组应用案例。 |
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3.转录组分析应用热点。 |
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第二天
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9:00-12:00 转录组数据分析流程及实操 |
1.转录组数据准备和软件介绍。 |
2.转录组数据标准化。 |
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3.转录组数据比对。 |
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4.DESeq2进行表达量估计和分析(实操)。 |
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13:30-17:30 转录组数据挖掘和关联分析上机实操 |
1. 转录组聚类分析(实操)。 |
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2.通过ggsurvival构建生存曲线(实操)。 |
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3.通过cox分析构建预后模型(实操)。 |
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4.lncRNA与mRNA关联分析。 |
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5.个性化分析方案。 |
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第三天
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9:00-12:00 基因组学学数据分析在植物、动物、农学、医学等领域的应用及上机操作 |
1. 基因组学生物信息学前沿技术动态 |
2. 基因组重测序及数据分析 |
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3. 数据模拟(实操) |
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4. 数据过滤及质量评估(实操) |
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5. SOAP/Bwa/Bowtie 等软件的使用 |
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13:30-17:30 单细胞测序技术应用与案例介绍、10×单细胞转录组数据分析思路及流程 |
1. 单细胞组学技术原理和科研应用。 |
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2. 近年单细胞方向高分文章思路解析和案例介绍。 |
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3. 10×官方单细胞软件Cell ranger讲解及实操。 |
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4. 从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操。 |
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5. 通过Seurat软件进行PCA及tSNE降维。 |
(*实际授课还会增加一些学员报名时反馈的感兴趣内容,希望参会人员可以把自己想了解的内容,报名时一起填写在回执表上。大家在上课期间有什么问题,都可以随时提出,如果有针对性问题可在 课间、课下和老师进行交流;)
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