- 用paperpass还是用万方数 93
- 如何理解SCI期刊中的小类学科分 65
- 《中国食品药品监管》期刊指南 35
- 讨论两种常见情况下的投稿被拒原因 53
- 写毕业论文要有哪些准备工作才能写 59
- EI期刊代表什么意义? 43
- 如何轻松地使用校园网下载知网论文 40
- 探讨法学毕业论文的实证研究作用和 73
- 清华大学深圳国际研究生院吴乾元、 52
- 如何在学术著作中加名 43
- 研究论文数量不足会不会导致项目结 48
- 自费出书的著作权是否需要登记呢? 56
- 清华大学 交叉信息院曾坚阳团队开 49
- 会议论文要查重流程 70
- 工商管理是一门什么样的专业 49
- 湖南科技大学 20395
- International As 7397
- 2017年环境污染与人类健康国际 20397
- 中国林业科学研究院热带林业研究所 22420
- 青岛通元堂健康管理有限公司 1391
- 宁波磁性材料应用技术创新中心有限 7384
- 生物谷 1377
- AIAAT 23362
- 美国科研出版社 1431
- 中国稀土学会 20416
- 中国仪器仪表学会 中国系统仿真学 20381
- 湖北学而升文化传播有限公司 7402
- 上海讯丰商务咨询有限责任公司 20389
- 西南大学 20428
- 中国科学院青海盐湖研究所 1403
- PBTSs 1378
- 河湖生态大会组委会 22372
- Academy of Engin 1409
- 香港机械工程师协会 1377
- Global Science a 23409
清华大学自动化系在合成生物学基因调控序列人工智能设计领域取得进展
2024/03/29
图 知识引导与数据驱动相融合的启动子辅助设计方法
在国家自然科学基金项目(批准号:62250007、62225307、61721003)等资助下,清华大学自动化系汪小我教授团队提出了一种将专家知识与大数据学习相融合的合成启动子人工智能辅助设计方法DeepSEED。研究成果以“使用DeepSEED进行侧翼序列深度改造实现高效启动子设计(Deep flanking sequence engineering for efficient promoter design using DeepSEED)”为题,于2023年10月9日发表于《自然•通讯》(Nature Communications)期刊上。论文链接:https://www.nature.com/articles/s41467-023-41899-y。
人类专家擅长从小样本中发现强特征,而深度学习模型可以从大量数据中提取隐含的弱模式。基因启动子是决定基因在什么条件下以何种程度进行转录表达的DNA调控序列。设计具有特定功能的合成启动子是构建人工基因系统的基础,在代谢工程、基因治疗等领域有广泛用途。过去,对启动子序列的设计改造主要集中在修改具有显著模式特征的转录因子结合位点(TFBS)序列上,而忽视了连接不同TFBS之间的侧翼序列。尽管有证据表明侧翼序列对启动子活性具有一定影响,但其特征信号弱且规律复杂,难以被归纳总结为明确的知识和设计准则。
团队针对启动子侧翼序列维度高、模式复杂、在设计中被长期忽视的问题,提出了一种人工智能辅助的侧翼序列优化方法DeepSEED。如图所示,该方法基于知识引导与数据驱动融合的智能设计策略,一方面利用专家知识定义与启动子功能相关的强特征模式作为“种子”,另一方面利用深度学习从大量数据中学习侧翼序列满足的弱特征复杂约束,基于条件式生成模型和进化计算来优化侧翼序列与“种子”的匹配关系,以实现对启动子序列的整体优化提高其转录调控活性。该方法成功应用于细菌和哺乳动物细胞内多类启动子的优化设计,细胞实验验证了其有效性,获得了一批序列多样性强、功能优于天然序列的全新启动子。
该研究提出的知识引导与数据驱动相融合的合成启动子智能设计策略,为解决功能启动子设计中维度高、样本小的核心难题提供了新思路,为合成生物学研究提供可用于旁侧序列优化和多类型启动子设计的人工智能辅助工具。
文章来源国家自然科学基金委员会,分享只为学术交流,如涉及侵权问题请联系我们,我们将及时修改或删除。
昆明理工大学在基因编辑非人灵长类动物扩张型心肌病模型研究领域取得进展
清华大学2024年春季学期克隆班56门本研课程面向全国百余万师生开放
第四届计算机图形学、图像与虚拟化研究国际会议(ICCGIV 2024)(2024-05-17)
第九届机电控制技术与交通运输国际学术会议(ICECTT 2024)(2024-05-24)
2024年教育政策与实践研讨会(ICEPP 2024)(2024-05-24)
第三届机电一体化与机械工程国际会议(ICMME2024)(2024-05-24)
2024年电子器件、传感控制技术与光学机械工程国际学术会议(EDSCTOE 2024)(2024-05-25)
第十四届地质和地球物理学国际会议(ICGG 2024)(2024-05-31)
2024年食品工程与农业科学国际会议(ICFEAS 2024)(2024-06-02)
2024年第三届网络、通信与信息技术国际会议(CNCIT 2024)(2024-06-07)
第十届机械工程、材料和自动化技术国际会议(MMEAT 2024)(2024-06-21)
2024年先进机器人,自动化工程与机器学习国际会议(ARAEML 2024)(2024-06-28)
第八届数据挖掘、通信与信息技术国际会议(DMCIT 2024)(2024-5-24)
2024数字信号处理与天文学国际学术会议(ICADSP 2024)(2024-5-26)
2024年信息化管理、大数据经济与文化产业国际会议(IMBDECI 2024)(2024-7-27)
2024年地理信息技术与遥感测绘国际学术会议(ICGITRSM 2024)(2024-5-24)
2024年公共事务管理与社会服务国际会议(ICPAMSS2024)(2024-7-22)
2024年半导体、力学与物理学国际会议(ICSMP 2024)(2024-5-25)
2024年核科学与地球化学国际会议 (ICNSG 2024)(2024-6-27)
2024生物技术、食品安全与生物健康国际会议(BFSBH 2024)(2024-5-30)
2024年图像、视觉与软件工程国际会议(ICIVSE 2024)(2024-6-22)
2024年智能医疗与生物医药国际会议(ICIHB 2024)(2024-5-26)