处理电子期刊的版权问题，需要从多个层面进行综合考量和操作。以下是关于电子期刊版权处理的具体建议：

1. 强化版权意识：许多期刊编辑部对版权保护的意识不强，缺乏专门法务人员或部门进行著作权授权审查。因此，提升编辑部及其相关人员的版权保护意识和能力是基础步骤。
2. 规范授权流程：在收稿录用环节，应明确与作者之间的权利转移或授权使用关系。对于数字出版，尤其要关注信息网络传播权的获取与管理。
3. 完善相关协议：编辑部与作者、数字出版商之间签订的版权协议必须明确、规范，避免因行文不规范导致的权属纠纷。
4. 维权成本控制：由于办刊经费通常有限，期刊编辑部难以承担高昂的维权成本。因此，寻求集体管理组织的支持，共同维权可能是一个有效的解决方案。
5. 优化法律法规：当前的法律及行业规则尚未完全适应数字出版的实践需求，需要进一步完善以提供更具体的指导和支持。
6. 采用先进技术：利用区块链等技术加强版权信息的记录和管理，提高版权保护的效率和准确性。
7. 加强国际合作：立足国际版权保护立场，加强对跨国数字版权侵权和盗版的打击力度，以保护全球范围内的版权所有者权益。

综上所述，处理电子期刊的版权问题是一个系统工程，需要从增强版权意识、规范授权流程、完善相关协议、控制维权成本、优化法律法规以及采用技术手段等多个方面入手。通过这些措施的综合运用，可以有效解决电子期刊版权问题，为学术出版创造一个更加健康和可持续的发展环境。