首先，期刊的影响力是选择的首要考虑因素。影响力因子（Impact Factor）是一个衡量期刊影响力的重要指标。一般而言，影响因子较高的蛋白质组学期刊往往会有更多的高质量论文发表，并且受到更多学术界和科研人员的关注。在选择期刊时，可以参考JCR（Journal Citation Reports）中的影响因子排名，选取排名较高的期刊。

其次，要考虑期刊的目标受众。不同期刊面向的读者群体可能有所不同，有些期刊更倾向于面向蛋白质组学领域的专家学者，而有些期刊则更适合跨学科研究的科学家。考虑到自己的研究对象以及潜在读者的需求，可以选择适合的目标受众的期刊。

第三，审稿周期也是一个需要重视的因素。研究者在选择期刊时，通常希望自己的研究能够尽快发表。因此，选择一个审稿周期较短的期刊，将能够减少文章发表的时间。在选择期刊时，可以参考之前发表过论文的同行的经验，或者查阅一些公开的数据库或论坛，了解各个期刊的审稿周期。

最后，开放获取也是一个需要考虑的重要因素。开放获取期刊可以使你的研究更加全球化，并且能够更快地传播。然而，开放获取期刊可能会收取高昂的出版费用。因此，在选择开放获取期刊时，可以综合考虑自己的经济承受能力以及期刊的学术声誉，选择适合自己的期刊。