中国农业大学生物学院、模式动物大设施胡晓湘、王宇哲团队利用深度杂交系和多组学方法绘制鸡复杂性状的遗传调控图谱

7月1日，国际综合性期刊《自然·通讯》（Nature Communications）在线发表了中国农业大学生物学院、模式动物大设施胡晓湘、王宇哲团队联合广东省农业科学院、丹麦奥胡斯大学的研究论文《利用鸡深度杂交系绘制复杂性状的遗传调控图谱》（Mapping the regulatory genetic landscape of complex traits using a chicken advanced intercross line）。

传统动物遗传定位主要依靠F2设计，但由于连锁不平衡影响，定位精度不高。本研究利用17年时间，通过F2代后连续随机交配方法，构建了一个动物中少有的远源深度杂交家系（AIL，advanced intercross line）。遗传分析表明F16代群体已充分打破祖先奠基者的基因组，重组事件充分，同时遗传多样性得以充分保留。对鸡5大类、75种表型的全基因组关联分析直接得到154个单基因水平QTL，并观测到大量显著的调控型突变。基于全基因模型框架，使用团队前期通过国际合作发表在Nature Genetics上的鸡GTEx数据，通过多种共定位方法，建立了组织特异性调控突变与功能基因关系的网络图谱。本研究进一步展示了在高强度人工选择压下，鸡1号染色体末端形成的影响鸡高产性状的“马赛克聚合”QTL，是由多个在不同组织中共同发挥作用的基因联合作用形成的；而鸡4号染色体由于群体等位基因频谱的代次间波动，恢复了对影响体重的NCAPG这一明星基因座的检出能力。该研究为鸡遗传研究提供了一个极具潜力的资源群体，展示了多组学共定位在复杂性状调控机制解析中的研究范式，并通过跨物种的比较，为理解鸟类和哺乳动物生长发育相关基因的进化模式提供了重要见解。

中国农业大学博士生朱晓宁、李冲为共同第一作者，中国农业大学王宇哲博士和广东省农业科学院瞿浩研究员为共同通讯作者，中国农业大学胡晓湘教授为最后作者，丹麦奥胡斯大学房灵昭博士、广东省农业科学院舒鼎铭研究员、罗成龙研究员对本研究提供了指导。该研究得到了生物育种国家科技重大专项（2023ZD0406805）、国家自然科学基金（32272862）、国家重点研发计划青年科学家项目（2024YFF1001500）、畜禽生物育种全国重点实验室课题（2025SKLAB6-21）以及中国农业大学2115人才发展计划资助，中国农业大学模式动物表型与遗传研究国家重大科技基础设施羲和高性能计算平台提供了运算支持。