近日，中国海洋大学医药学院、青岛海洋生物医药研究院秦冲教授团队在国际生物信息数据库领域顶级期刊Nucleic Acids Research（《核酸研究》），在线发表了题为“MolGlueDB: an online database of molecular glues”（MolGlueDB：一个在线的分子胶数据库）的研究论文，发布了国际首个分子胶药物数据库。

在药物发现领域，分子胶降解剂（Molecular Glue Degraders, MGD）作为一种新兴的靶向蛋白降解技术，正日益受到科研和制药行业的关注。近年来已有20余个分子胶进入临床试验，展现出巨大应用潜力。然而，分子胶降解剂的发现与理性设计面临巨大挑战。为推动MGD的合理设计与开发，研究团队构建并上线了MolGlueDB，这是一个开放访问的网络数据库，旨在为全球研究者提供全面、可靠的MGD资源。该数据库于2025年初正式上线，可通过链接https://www.molgluedb.com/免费访问，访问量已累计超过8000次，数据下载与导出次数达1400余次，充分表明该平台已在学术界和产业界获得积极关注，成为分子胶研究的重要工具。

图1 MolGlueDB的整体架构与设计理念

MolGlueDB的核心价值在于其大规模的数据整合。研究团队系统梳理了2001年1月至2025年5月的241篇分子胶相关文献，数据库归纳收录了1840条目，涵盖1629个不同的MGD分子、28种E3泛素连接酶招募蛋白以及94个靶点蛋白。这些数据不仅包括MGD的化学结构，还整合了结合亲和力（如Kd值）、降解能力（如DC50和Dmax）、生物活性（如IC50和EC50）以及物理化学特性（如分子量、LogP和TPSA）。此外，数据库正逐步扩展药代动力学相关数据，例如ADME（吸收、分布、代谢和排泄）参数，帮助研究者评估MGD的成药潜力。这种多维度信息覆盖，使得MolGlueDB成为从基础研究到临床应用的桥梁。

图2 MolGlueDB在线数据库的主页界面

数据库的功能模块设计合理，支持多种检索方式。用户可以通过文本搜索快速查找特定MGD、靶点或E3蛋白；结构检索功能则包括子结构搜索和相似性搜索，配备在线分子编辑器，便于用户绘制或修改分子结构进行查询。多维度筛选工具允许根据靶点、E3招募蛋白、理化性质或药效团类型过滤数据，帮助研究者高效定位潜在候选物。在人工智能驱动的药物设计中，这些功能可支持机器学习模型的训练和虚拟筛选，加速新型MGD的发现。

图3 MolGlueDB数据库页面

作为一项持续优化的项目，研究团队将定期更新数据库，纳入更多文献数据和新兴MGD类型，进一步增强对AI辅助设计的支持。目前，数据库已整合了高分辨率晶体结构和分子对接模拟结果，为结构生物学研究提供可视化工具。未来，随着更多药代动力学和毒性数据的加入，MolGlueDB有望进一步推动分子胶降解剂的理性设计与药物发现。

团队合影（前排左七为秦冲教授）

中国海洋大学为本文的第一通讯单位，中国海洋大学博士后王霄与硕士研究生庄智尧为文章的共同第一作者，秦冲教授、徐锡明教授和房森彪博士为论文共同通讯作者。该工作得到山东省重点研发计划、青岛市科技示范工程项目的资助。