在投稿SCI期刊时，不小心选择了预印本选项，可能会对后续的投稿和查重产生一系列影响。

以下是一些具体的分析和建议：

1. 理解预印本的影响：预印本是指未经同行评审、出于交流目的而提前在互联网上发布的科研论文或科技报告。一旦论文被选为预印本，它将被收录在与期刊合作的预印本网站上，如researchsquare等平台。这会导致几个主要问题：一是查重系统会将预印本纳入对比范围，导致重复率显著上升；二是部分期刊不接受已发布预印本的文章，从而限制了再次投稿的选择范围。

2. 撤回预印本的可能性：如果稿件已经在预印本平台发布并获得了DOI号，通常很难撤回。不过，一些平台如Springer Nature的In Review提供了修改是否公开预印本的选项，作者可以在一定的窗口期内取消公开预印本。因此，建议作者在发现误选预印本后，立即登录相关平台查看是否有撤回或修改的选项。

3. 在Cover Letter中说明情况：即使无法撤回预印本，作者仍可以在投稿其他SCI期刊时，通过Cover Letter向编辑说明情况。具体来说，可以在Cover Letter中说明该论文已经发表在预印本服务器上，并提供相关的链接和副本。如果论文进行了修改更新，还应在Cover Letter中详细说明提交稿件与预印本的区别。这样做有助于编辑了解情况，减少因重复率过高而导致的误解。

4. 查询目标期刊的政策：在再次投稿之前，务必查询目标期刊是否接收预印本。不同期刊对预印本的态度可能不同，有些期刊鼓励预印本，而有些则不接受已发布预印本的文章。通过查询期刊官网的作者投稿指南（Submission Guide），可以了解具体的出版政策。

5. 考虑使用查重排除功能：如果担心查重率过高，可以考虑使用查重系统的排除功能。例如，iThenticate系统允许用户在进行查重时排除已预印的文章，以获得更准确的重复率结果。不过，需要注意的是，每次查重都需要进行排除操作，因为查重系统里的结果是无法改变的。

6. 保持与编辑的沟通：在整个过程中，保持与编辑的良好沟通至关重要。如果遇到任何疑问或困难，应及时联系编辑并说明情况。编辑通常会根据具体情况给出相应的建议和解决方案。

7. 谨慎选择预印本服务：在未来的投稿中，务必谨慎选择是否同意预印本服务。如果不确定期刊对预印本的态度或政策是否随时变动，最好找理由拒绝该服务或咨询编辑后再做决定。

综上所述，虽然不小心选择了预印本选项可能会带来一些麻烦和挑战，但通过及时撤回、在Cover Letter中说明情况、查询目标期刊政策、使用查重排除功能以及保持与编辑的沟通等措施，仍然可以有效地应对这些问题并成功投稿SCI期刊。