电子版论文在查重过程中可能会遇到以下问题：

1. 格式不兼容：某些查重系统可能对文档的格式有特定要求，若格式不兼容，可能导致无法上传或查重结果不准确。

2. 查重系统限制：查重系统可能存在使用次数限制、查询范围限制等，这可能限制了查重的范围和深度。

3. 误判和漏判：查重系统可能将一些非抄袭内容误判为抄袭，或漏掉一些实际存在的内容相似性。

4. 引用识别不足：查重系统可能无法准确区分合理引用和抄袭，特别是当引用格式不正确或不完全时。

5. 数据库更新滞后：查重系统的数据库可能不包含最新的研究成果，导致新发表的文章可能无法被准确检测。

6. 语言和专业术语限制：对于非英语或是专业性较强的文本，查重系统可能无法准确处理，因为其数据库和算法可能未能覆盖相应领域的专业术语。

7. 查重报告解读困难：查重报告可能包含大量技术性数据，不易理解，特别是在没有专业指导的情况下。

8. 隐私和版权问题：上传论文至第三方查重系统可能涉及隐私泄露和版权问题，作者需要确保系统的安全性和信誉。

9. 重复查重结果不一致：在不同时间或使用不同系统进行查重时，得到的结果可能不一致，这可能给作者带来困惑。

10. 查重成本高昂：部分查重系统可能收费较高，对于学生或没有资金支持的研究人员来说，这可能是一个负担。

为应对这些问题，建议在选择查重系统时进行充分的调研，选择信誉良好、数据库全面、支持多种格式的系统。在使用查重系统之前，了解其功能、限制和报告解读方法，必要时可以寻求专业人士的帮助。同时，保持对查重过程的主动参与和监督，确保查重的准确性和效率。