《中国农业大学学报》设有多个专业栏目，其中包括：

（1）作物栽培与农艺学

（2）园艺学

（3）农业资源利用

（4）农业环境与生态学

（5）农业机械与农业电气化

（6）动物科学

（7）农业水利

（8）土壤肥料与植物营养学

（9）兽医学

（10）农业经济管理

（11）农业生物技术

（12）科技史与科技哲学

《中国农业大学学报》还设立了“论证与综述”、“方法与技术”、“书评”、“科技简讯”等栏目，为作者和读者提供多样化的学术交流平台。同时，该期刊还设立了“学术专题讨论会”、“名家讲座”、““学者之声”等特殊栏目，以推动学术交流，促进学术繁荣。