2016年上海DNA条形码与分子鉴定上机实操班_

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2016年上海DNA条形码与分子鉴定上机实操班

会议日期：2016-7-14 至 2016-7-17

会议地点：上海市

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会议简介

随着分子生物学技术和生物信息学的发展，分子鉴定应用领域越来越广泛，其中基于DNA 条形码技术、基因组技术等进行鉴定和分类的研究已成为生物分类学研究中引人注目的新方向和研究热点。DNA条形码、基因组等技术的出现极大地增强人类监测、了解和利用生物多样性资源的能力，其在生命科学、法医学、流行病学，以及医药、食品质量控制等领域均具有广泛的应用前景。为进一步推动我国生物信息学的发展，提高从业人员的技术水平，北京海淀中科计算技术转移中心（中科院计算所技术转移中心）举办“生物信息学最新技术”暨“分子鉴定原理及应用——“DNA条形码和下一代（next generation）分子标记的开发及利用”高级培训班，并由北京嘉诚永恒科技有限公司具体承办，具体事宜通知如下

一、分子鉴定的应用
1、微生物、动物、植物资源普查

2、检验检疫

3、中药材真伪鉴定

4、食品质量安全

5、疾病诊断和预防

6、分子育种

二、DNA测序技术-遗传检测的利器

1、第一代测序技术：Sanger测序原理

2、第二代测序技术：Illumina，454, Ion Torrent原理

3、第三代测序技术：PacBio, Hellicos原理

4、第四代测序技术: Oxford NanoPore原理

5、Hybridization based methods

6、测序技术的比较及展望

三、Sequence-independent分子标记的开发及应用

1、Restriction fragment length polymorphism （RFLP）

2、Random amplified polymorphic DNA （RAPD）

3、Simple sequence repeats （SSR）

4、Single strand conformation polymorphism （SSCP）

5、Cleaved amplified polymorphic sequence （CAPS）

6、Sequence characterized amplified region （SCAR）

7、Amplified fragment length polymorphism （AFLP）

8、Inter-retrotransposon amplified Polymorphism （IRAP）

9、REtransposon-microsatellite amplified polymorphism （REMAP）

四、equence-dependent分子标记开发及应用

1、常用的DNA条形码标记：ITS，ITS1，ITS2，trnH-psbA，rbcL-matK，COI等

2、常用DNA条形码鉴定方法：sequence similarity-based （Blast， Hidden Markov Model），tree-based，cutoff-based

3、筛选******DNA条形码指标

⑴PCR amplification success

⑵Sequencing efficiency

⑶Species distinguishing power

⑷DNA barcoding gap

DNA barcoding相关数据库

⑴BOLD: Barcode of Life Database

⑵BOMMD: Barcode of Medicinal Materials Database

五、基于全基因组序列的新的分子标记的发现

1、（真菌、动物）线粒体基因组

⑴测序方案: 实验方法纯化还是生信方法纯化

⑵组装方法：de novo vs. reference based

⑶注释流程: MFAnnotator vs. FUMGA

⑷特异性标记筛选流程

2、（植物）叶绿体基因组

⑴测序方案：实验方法纯化还是生信方法纯化

⑵组装方法：de novo vs. reference based

⑶注释流程：CPGAVAS vs. DOGMA

⑷特异性标记筛选流程

六、物理图谱和遗传图谱构建新方法：原理及应用

1、Optical Map

2、Bionano

3.reduced-representation sequencing using reduced-representation libraries (RRLs)

4、complexity reduction of polymorphic sequences (CRoPS),

5、Restriction-site associated DNA sequencing （RAD-Seq）

培训注册：（邮箱报名：hdzkyjsjs@163.com）联系电话：张老师：17310133545

地点：上海上海大学

培训班日期（7月14日-7月17日）

1.注册费：4300元/人；

（包括培训费、资料费、考试费、证书费，食宿统一安排，费用自理）
2.本培训人数限制为40人，报满截止；
3.座位按照注册付款先后排列，敬请谅解！

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